Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus padalinys – dailininko A. Žmuidzinavičiaus (1876–1966) kūrinių ir rinkinių muziejus atidarytas 1966 m. jo name, pastatytame pagal žymaus architekto Vytauto Landsbergio-Žemkalnio projektą. 

Antanas Žmuidzinavičius kartu su Petru Rimša, Mikalojumi Konstantinu Čiurlioniu ir kitais dailininkais 1907 m. Vilniuje surengė Pirmąją lietuvių dailės parodą, įkūrė Lietuvių dailės draugiją, kuriai ilgus metus vadovavo ir dalyvavo visose draugijos rengtose parodose, įvairių visuomeninių organizacijų veikloje. 

Dailininkas tapė peizažus, portretus, temines kompozicijas, apipavidalino knygų, dalyvavo pinigų, pašto ženklų, plakatų, vertybinių popierių konkursuose. 

Memorialinio namo ekspozicija supažindina su tapytojo ir jo šeimos gyvenimu. Bute ir dirbtuvėje išlikusi 3–4-ojo dešimtmečių aplinka: autentiški baldai ir įvairios interjero detalės (šviestuvai, telefono aparatai ir kt.). Muziejuje galima išvysti ir A. Žmuidzinavičiaus paveikslų, susipažinti su dalimi jo sukauptų rinkinių, įvairia archyvine medžiaga.
Vienas iš garsiausių Antano Žmuidzinavičiaus rinkinių – velnių kolekcija. 1982 m. gausi ir nuolat auganti nelabųjų kariauna iš dailininko dirbtuvės perkelta į atskirą priestatą, kuris pavadintas Velnių muziejumi. Vieninteliame pasaulyje velnių muziejuje saugoma per 3 tūkstančius velniukų – vaizduojamosios ir taikomosios dailės kūrinių, suvenyrų, kaukių. Čia rengiamos parodos, organizuojamos šventės, ekskursijos bei edukacinės programos, lankytojai gali įsigyti originalių, šmaikščių suvenyrų.

Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus padalinys – Istorinė Lietuvos Respublikos Prezidentūra įsikūręs XIX a. statytuose rūmuose. 1919–1940 m. čia dirbo ir gyveno visi trys nepriklausomos Lietuvos Prezidentai: Antanas Smetona, Aleksandras Stulginskis ir Kazys Grinius. 2005 m. lankytojams duris atvėrė Istorinės Lietuvos Respublikos Prezidentūros muziejus. Savo ekspozicijomis, parodomis, renginiais bei kita veikla muziejus pasakoja moderniosios Lietuvos valstybės kūrimo istoriją, skatina pasididžiavimą savo valstybe. Čia galima pamatyti, kaip vos per du dešimtmečius tarp dviejų pasaulinių karų Kaunas iš carinės Rusijos provincijos miesto virto modernia šalies sostine, kaip valstybė sutvirtėjo Pirmosios Lietuvos Respublikos laikotarpiu ir subrandino tokį stiprų jos piliečių patriotizmą, kurio įveikti nepajėgė net 50 metų trukusi sovietų okupacija.

Muziejuje tyrinėjama ir pristatoma Prezidento institucijos, Pirmosios Lietuvos Respublikos Prezidentų ir kitų to meto valstybės kūrėjų, laikinosios sostinės ir Lietuvos visuomenės raidos istorija.

Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus padalinys – J. Zikaro namai-muziejus buvo atidarytas 2001 m. minint skulptoriaus Juozo Zikaro (1881–1944) 120-ąsias gimimo metines. Muziejus įsikūręs kukliame, bet kupiname J. Zikaro dvasios, paties skulptoriaus statytame namelyje, kuriame jis gyveno iki savo mirties 1944 metais.

Vieno žymiausių XX a. I pusės lietuvių skulptorių – Juozo Zikaro vardas glaudžiai susijęs su Lietuvos nepriklausomybe bei profesionaliąja mūsų šalies daile. Juozo Zikaro memorialiniame muziejuje sukaupta dauguma šio dailininko darbų, gausus menininko ir jo šeimos archyvas. Namai alsuoja ne tik paskutiniųjų vienuolikos Zikaro gyvenimo metų, bet ir jo sunkios vaikystės, sudėtingos jaunystės prisiminimais.

Atnaujintame muziejuje išsaugotas autentiškas XX a. 3-iąjį dešimtmetį menantis interjeras. Lankytojams atverta skulptoriaus dirbtuvė, virš dirbtuvės esantys gyvenamieji kambariai, vyno rūsys. Svetainės ir Anelės Zikarienės kambarių grindis dengia Lietuvoje mažai kur išlikusi marmoleumo danga, ornamentuota Art Deco stiliumi.

Muziejui priklauso šeimos gyvenamosios patalpos, dailininko dirbtuvė bei prie namo esantis sodelis. Nuo namo terasos atsiveria nuostabi Kauno panorama: matyti raudoni senamiesčio stogai ir bažnyčių bokštai, Vytauto Didžiojo tiltas, Aleksoto funikulierius.

Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus padalinys – Kauno paveikslų galerija atidaryta 1979 m. (architektai Liucija Gedgaudienė, Jonas Navakas). Iš pradžių buvo svarstyta čia eksponuoti kolekcininko Mykolo Žilinsko (1904–1992) Kauno miestui padovanotą kolekciją. Vėliau nutarta galerijos salėse lankytojams pristatyti XX a. II p. Lietuvos modernaus meno aukso fondą.

Kauno paveikslų galerijoje rengiamos lietuvių ir užsienio dailininkų parodos, eksponuojama šiuolaikinė Lietuvos dailė, pasaulio lietuvių dailė, pristatomos bendruomenių platformos „Mažosios istorijos“ parodos. Čia įrengtas ir Jurgio Mačiūno Fluxus kabinetas, kuriame eksponuojami Kaune gimusio avangardinio judėjimo pradininko Jurgio Mačiūno ir kitų šio judėjimo dalyvių (Jono Meko, Josepho Beuyso, Mieko (Chieko) Shiomi, Beno Vautiero, George‘o Brechto) kūriniai. Greta – lietuvių autorių (Jolantos Janavičienės, Jurgio Janavičiaus, Redo Diržio, Naglio R. Baltušniko, „Post-Ars“ grupės, Kęstučio Grigaliūno) darbai, dedikuoti Fluxus judėjimui. Lankytojai gali susipažinti ir su J. Mačiūno kolegų Ay-O ir Takako Saito instaliacijomis.

Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus padalinys – Liudo Truikio ir Marijonos Rakauskaitės memorialinis muziejus įkurtas 1994 m. Kaune, Ąžuolų kalno šlaite, 1938 m. statyto namo antrojo aukšto bute-dirbtuvėje. Čia nuo Antrojo pasaulinio karo iki mirties gyveno ir kūrė dailininkas, scenografas Liudas Truikys (1904–1987) bei jo gyvenimo ir kūrybos draugė operos solistė Marijona Rakauskaitė (1892–1975).

Muziejuje saugomi L. Truikio kūrybos darbai: operos scenografijos ir kostiumų eskizai, tapyba, knygų, plakatų grafika, L. Truikio ir M. Rakauskaitės memorialiniai daiktai,  bibliotekos eksponatai ir kt.

Didžiausio lankytojų susidomėjimo sulaukia autentiškas, nuo įsikūrimo laikų nepakitęs namų interjeras, gausi memorialinių daiktų kolekcija ir iš amžininkų surinkti pasakojimai apie namų šeimininkus. Dalis ekspozicijos skirta operos solistei Marijonai Rakauskaitei.

Druskininkuose, pagrindinėje M. K. Čiurlionio gatvėje, namuose, kur gyveno ir kūrė garsiausias Lietuvos kompozitorius ir dailininkas Mikalojus Konstantinas Čiurlionis (1875–​1911), 1963 m. įkurtas Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus padalinys – M. K. Čiurlionio memorialinis muziejus.

Čia eksponuojami Čiurlionių šeimai priklausantys daiktai: nuotraukose atsispindi pagrindiniai M. K. Čiurlionio biografijos faktai – didžiojo menininko ėjimo į profesionaliąją kūrybą pradžia. Akį traukia Čiurlionių šeimos fisharmonija, Mykolo Oginskio M. K. Čiurlioniui dovanotas pianinas, pirmieji autoriniai M. K. Čiurlionio tapybos darbai, jo kūrybos kambarėlis, paletė bei autentiškas kompozitoriaus pianinas. Muziejuje taip pat galima pamatyti ankstyvojo ir vėlyvojo laikotarpio dailininko darbus.

M. Žilinsko dailės galerija – vienas iš Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus padalinių. Ši užsienio dailės rinkiniams skirta galerija Kaune buvo pastatyta 1989 m. pagerbiant žymų lietuvių kolekcininką, mecenatą, buvusį Ministrų kabineto kanclerį ir verslininką Mykolą Žilinską (1904–1992). Lietuvą okupavus sovietams, 1940 m. jis buvo priverstas emigruoti į Vakarus. Gimtajam miestui Kaunui M. Žilinskas padovanojo net 1685 kūrinius iš savo XVI–XX a. Europos meno kolekcijos, surinktos gyvenant Vakarų Berlyne.
Dailės galerijoje eksponuojami vertingiausi M. Žilinsko dovanoto rinkinio kūriniai ir muziejaus nuo 1921 m. kaupti Tolimųjų Rytų, Senovės Egipto, Antikos, Europos meno turtai, kurie atkeliavo daugiausiai iš Lietuvos didikų dvarų kolekcijų, buvo įsigyti iš užsienio šalių parodų arba surinkti aistringų keliautojų ir kolekcininkų.
Taikomosios dailės ekspozicija yra sukomplektuota iš Nacionalinio M. K. Čiurlionio dailės muziejaus rinkinių. Ji supažindina su porceliano gamybos istorija, jo raida Europoje, garsių Meiseno, Sevro, Rusijos ir kitų šalių porceliano manufaktūrų dirbiniais, su įvairiais meno stiliais, stiklo ir metalo gaminiais, baldais ir kitais meno kūriniais.
Senovės pasaulio dailės ekspozicija visuomenei pristato neįkainojamą muziejaus lobyno dalį – Mesopotamijos, Babilono, Senovės Egipto, Senovės Graikijos ir Romos civilizacijų senienas. Didžiąją jų dalį sudaro Senovės Egipto kultūros paminklai, datuojami nuo XIII iki I a. pr. Kr. Juos surinko kolekcininkas Aleksandras Račkus, egiptologė Marija Rudzinskaitė-Arcimavičienė, kolekcininkas ir archeologas grafas Mykolas Tiškevičius. Šį rinkinį savo dovanomis yra praturtinę ir Sankt Peterburgo Valstybinio Ermitažo, Maskvos Valstybinio Rytų meno muziejai bei kolekcininkas Viktoras Oranskis.
Galerijos ekspozicijose lankytojai gali susipažinti ir su italų, prancūzų, flamandų bei olandų dailininkų kūriniais. Dauguma jų į muziejų pateko iš senųjų dailės kolekcijų, kurios puošė kunigaikščių Oginskių, grafų Tiškevičių, baronų von der Roppų ir kitų garsių Lietuvos giminių dvarus. Jas svariai papildo kolekcininko ir meno mecenato M. Žilinsko dovanoti kūriniai.

Nacionalinio M. K. Čiurlionio muziejaus padalinys – V. K. Jonyno galerija įsikūrusi Druskininkų miesto centrinėje dalyje. Vytautas Kazimieras Jonynas (1907–1997) – išskirtinio talento Lietuvos grafikas, tapytojas, skulptorius, vitražų kūrėjas, vienas iškiliausių XX a. lietuvių menininkų. Nemažą savo gyvenimo dalį menininkas kūrė išeivijoje, grįžęs į Lietuvą šiame name leisdavo vasaras, dirbdavo, bendraudavo su lankytojais. Duris galerija atvėrė 1993 metais. 

V. K. Jonynas buvo vienas pirmųjų išeivių dailininkų, savo kūrybą padovanojęs Lietuvai. Už reikšmingą indėlį į Lietuvos kultūrą jam suteiktas Lietuvos Respublikos nusipelniusio meno veikėjo garbės vardas ir valstybės lėšomis pradėta statyti vardinė galerija Druskininkuose, šalia M. K. Čiurlionio memorialinio muziejaus.